Arrêt maladie en intérim : combien tu touches en 2026, et qui te paie ?

Ta caisse te verse 30,68 € par jour à partir du 4e jour si tes missions des 3 derniers mois t'ont rapporté 2 000 € brut par mois. Si ton activité est entrecoupée, elle peut calculer sur 12 mois, mois sans mission compris : avec 6 mois travaillés sur 12, tu touches 15,34 €. Ton agence ne maintient pas ton salaire ; le complément vient de la prévoyance des intérimaires, à partir de 414 heures de mission sur 12 mois.

3 mois ou 12 mois : ce qui décide de ton montant

Ta caisse part de tes salaires bruts. Dans le cas général, elle prend la moyenne de tes 3 derniers mois ; pour une activité saisonnière, elle prend les 12 derniers mois, comme l'écrit la page de l'Assurance maladie sur les indemnités journalières du salarié. Pour une intérimaire aux missions discontinues, un expert ameli précise que « le calcul de l'indemnité journalière s'effectue sur les 12 mois qui précèdent le début de l'arrêt ».

C'est là que tout se joue. Dans une moyenne sur 12 mois, un mois sans mission compte pour zéro. Avec 6 mois de mission à 2 000 € brut, ta moyenne tombe à 1 000 € par mois, et ton indemnité est divisée par deux : 16,44 € brut par jour au lieu de 32,88 €. Si tu as travaillé les 12 mois sans trou, les deux calculs donnent le même montant.

Ton indemnité ne dépasse jamais 42,97 € brut par jour, quel que soit ton salaire, et ta caisse retire encore la CSG et la CRDS avant de la verser. Les montants pour les autres motifs d'arrêt, accident du travail compris, sont sur la page de l'arrêt de travail.

Un arrêt de plus de 6 mois demande davantage

Si ton arrêt se prolonge au-delà de 6 mois, ta caisse ne se contente plus des 3 derniers mois : tu dois être affilié à l'Assurance maladie depuis 12 mois à la date de l'arrêt, et avoir fait 600 heures sur les 12 mois qui le précèdent, ou cotisé sur 24 989,30 €. Avec des missions espacées, ces 12 mois comptent aussi les périodes sans contrat : additionne tes heures de mission sur toute la période dès que ton arrêt s'annonce long.

Pourquoi ton agence ne maintient pas ton salaire

Un salarié permanent avec un an d'ancienneté reçoit de son employeur un complément qui porte son revenu à 90 % de son salaire brut. L'article L1226-1 du code du travail, qui crée ce complément, le dit en toutes lettres : ses dispositions « ne s'appliquent pas aux salariés travaillant à domicile, aux salariés saisonniers, aux salariés intermittents et aux salariés temporaires ». Ton agence, qui est ton employeur, ne te doit donc rien à ce titre, même après des années de missions chez elle.

Concrètement, pendant les 3 premiers jours de ton arrêt, tu ne touches rien : ni salaire, ni indemnité de la caisse. Ton contrat de mission est suspendu, pas rompu. Ce qui remplace le complément d'un salarié permanent est le régime de prévoyance des intérimaires, financé par les agences, et il a ses propres conditions. Pour comparer avec ce qu'un salarié en CDI touche, la page sur le salaire pendant un arrêt maladie détaille le maintien jour par jour.

Le complément de la prévoyance intérim

Si tu as fait au moins 414 heures de mission sur les 12 derniers mois, dans une ou plusieurs agences, le régime Intérimaires Prévoyance ajoute des indemnités à celles de ta caisse. Elles commencent au 5e jour d'arrêt et baissent au fil du temps, d'après le site santé-sécurité-intérim de la branche (page du 30 juin 2026) :

• pendant les 30 premiers jours, 50 % du salaire de base de ta dernière mission ;
• pendant les 61 jours suivants, 25 %.

Ces pourcentages portent sur le salaire de base de ta dernière mission, pas sur la moyenne que retient ta caisse. Une mission bien payée juste avant l'arrêt compte donc pleinement ici, même si ta moyenne sur 12 mois est basse. Le seuil de 414 heures représente environ 11,8 semaines de mission à 35 heures.

Ta mission se termine pendant ton arrêt

Ton arrêt ne prolonge pas ta mission. Mais il continue d'être payé : les indemnités de ta caisse ne dépendent pas de ton contrat, seulement des heures que tu as faites avant l'arrêt. Le complément de la prévoyance suit aussi, à une condition que pose le FASTT, le fonds de la branche : si ton arrêt se poursuit après la mission, le régime verse son complément « à condition que votre arrêt de travail soit supérieur à 10 jours ».

Ton indemnité de fin de mission reste due. En intérim, elle « est versée au salarié à la fin du contrat d'intérim » et ne tombe qu'en cas de faute grave, rappelle la fiche service-public sur la prime de précarité. Les jours d'arrêt n'étant pas payés par l'agence, ils ne font pas grossir la rémunération sur laquelle elle se calcule. Le calcul lui-même est sur la page de la prime de précarité.

Les 3 jours de carence de l'arrêt maladie n'ont rien à voir avec le « délai de carence » entre deux missions sur un même poste, dont parlent aussi les agences : le premier retire des jours d'indemnité, le second porte sur ton contrat.

Ce que tu envoies, et à qui

Ton employeur est l'agence, pas l'entreprise où tu travailles. Si tu es en mission le jour de l'arrêt, le volet de l'arrêt destiné à l'employeur part à l'agence ; si tu n'es plus sous contrat, il part à France Travail, comme l'indique un expert ameli sur le forum des assurés. Le délai est de 48 heures, quelle que soit la durée de l'arrêt. Préviens aussi l'entreprise où tu es en mission, pour qu'elle s'organise.

Pour calculer tes indemnités, ta caisse a besoin d'une attestation de salaire que l'agence remplit. Si ton activité est discontinue, garde tes bulletins de paie des 12 derniers mois : ta caisse peut te les demander. Si l'agence tarde ou refuse l'attestation, tu peux envoyer toi-même ces bulletins avec une attestation sur l'honneur indiquant ton dernier jour de travail. L'envoi de l'arrêt en ligne et ses délais sont détaillés sur la page arrêt maladie en ligne.